Die Zivilschutzorganisation (ZSO) Werdenberg ist seit dem 01.01.2019 eine von 8 regionalen Zivilschutz-organisationen des Kantons St.Gallen. Getragen wird die ZSO Werdenberg durch die 6 Werdenberger Gemeinden Wartau, Sevelen, Buchs, Grabs, Gams und Sennwald. Die strategische Leitung obliegt der Regionalen Bevölkerungsschutzkommission, welche aus politischen Vertretern der sechs Vertragsgemeinden besteht.

Operativ wird die ZSO Werdenberg durch das Zivilschutzkommando geleitet. Mit dem Zusammenschluss der beiden Zivilschutzorganisationen Werdenberg Nord und Werdenberg Süd konnte die Führung der neuen Organisation professionalisiert werden. Die ZSO Werdenberg wird durch einen vollamtlichen Kommandanten und dessen Stellvertreter geleitet. Die Leitgemeinde, Stadt Buchs, ist für die Administration sowie die Anstellung des Berufspersonals zuständig.